Футболист играл за главную команду «черно-зеленых» в сезоне 2013/2014. В 5 официальных матчах он отметился результативной передачей. Также он сыграл 63 матча за команду «Краснодар-2», в которых забил 42 гола.
Летом 2017 года «Млада Болеслав» арендовал Николая Комличенко. В этом сезоне футболист в 18 матчах регулярного чемпионата Чехии забил 18 голов и стал лучшим бомбардиром турнира.
Генеральный директор «Краснодара» Владимир Хашиг объяснил трансфер Комличенко тем, что сейчас клуб не может гарантировать ему регулярную игровую практику. «При этом по соглашению у нашего клуба остается немалая часть прав на игрока и имеются различные опции», - добавил спортивный функционер. При этом он выразил гордость тем, что воспитанниками краснодарской школы стали интересоваться иностранные клубы.